DeepChemは、Python 2.7、3.5、それと64 bit LinuxとMac OSXしかサポートしていない。
そこで、Ubuntu 18.04.1にインストールすることにした。
まず、python3.5を指定してcosource activate tensorflowprojectnda環境をインストール
本サイトを参照。
conda create -n tensorflowproject python=3.5 tensorflow ipython
作ったtensorflowproject環境を立ち上げる。
source activate tensorflowproject
このサイトを参考にdeepchemインストール。tensorflowproject状態でdeepchemをcondaでインストールする。
(tensorflowproject)$ git clone https://github.com/deepchem/deepchem.git
(tensorflowproject)$ cd deepchem
(tensorflowproject)$ bash scripts/install_deepchem_conda.sh deepchem
(tensorflowproject)$ source activate deepchem
(deepchem)$ python setup.py install
(deepchem)$ conda install jupyter matplotlib
以上で終了。ipythonでチュートリアルを流してみる。
(deepchem)$ ipython
これでipython上でdeepchemオフィシャルのチュートリアルが動くことを確認。ipythonにコードを複数行コピペしたときはリターン３回必要。
一先ず、deepchemを走らせらhttps://github.com/matroid/dlwithtfれる環境ができたので、今後、じっくり時間をかけて勉強してくことにする。
最後に、conda環境を抜け出す。２回抜け出す操作が必要。
(deepchem)$ source deactivate
(tensorflowproject)$ source deactivate
$
condaにつてはこのサイトを参考にしました。
以下、試行錯誤メモ。
このサイトの溶解度予測のトレースhttps://github.com/matroid/dlwithtfは失敗。
AttributeError: module ‘deepchem’ has no attribute ‘nn’
同じエラーのQ&A
https://github.com/deepchem/deepchem/issues/1257
deepchemのバージョンが変わってnnパッケージが無くなったためらしい。
https://github.com/matroid/dlwithtf
より新しい溶解度予測の例。こちらは動きそう。
https://pchanda.github.io/Deepchem-GraphConvolutions/
Deepchemを作った人が書いたDeep Learningの本。
deepchemの説明も入っているらしい。
TensorFlow for Deep Learning: From Linear Regression to Reinforcement Learning
この本のサンプルコード